L’organigramme des Cliniques Universitaires de Kinshasa comprend deux groupes d’organes : d’une part, les organes de contrôle et, d’autre part, les organes de gestion courante. Les organes de contrôle sont : le Comité de Gestion de l’Université et le Conseil Facultaire de la Faculté de Médecine. Le Comité de Gestion de l’Université de Kinshasa définit la politique générale des CUK et en assure la supervision administrative.
Le Conseil Facultaire de la Faculté de Médecine contrôle le fonctionnement des Cliniques Universitaires de Kinshasa sur le plan scientifique ; c’est pourquoi, le Médecin Directeur des CUK a le rang de Vice-Doyen de la Faculté de Médecine Chargé des Cliniques Universitaires de Kinshasa.

Les organes de gestion courante sont :

  • Le Comité Directeur élargi;
  • Le Comité Directeur;
  • Les Départements;
  • Les Services;
  • Les Directions Administratives et Techniques.

Le Comité Directeur élargi est constitué de membres du Comité Directeur et de tous les Chefs des Départements médicaux. Il se réunit une fois par mois sous la présidence du Vice-Doyen et Médecin Directeur des CUK. Il a comme rôle de veiller à l’exécution correcte des directives tracées pour le bon fonctionnement des départements en particulier et de toute l’institution en général.
Le Comité Directeur comprend  sept membres : le Médecin Directeur, le Médecin Directeur Adjoint, le Directeur Administratif, le Directeur des Finances, le Directeur Technique, le Directeur (ou la Directrice) du Nursing et le Directeur de la Pharmacie.
Ce comité assure la gestion courante et se réunit une fois par semaine sous la direction du Vice-Doyen et Médecin Directeur.
Les Départements médicaux des CUK sont actuellement au nombre de onze. Ils sont dirigés chacun par un Chef de Département et deux secrétaires du département (à l’enseignement et à la recherche) nommés par le  Recteur de l’Université de Kinshasa après une élection à la quelle participent les membres du conseil de département..